Początki
Fundatorem kościoła i klasztoru w Czerniakowie był Stanisław Herakliusz Lubomirski – marszałek wielki koronny, przyjaciel zakonu bernardynów. Budowę murowanego kościoła na planie równoramiennego krzyża, z kopułą i sześciobocznym prezbiterium rozpoczęto w 1691 r. Prace prowadzono w oparciu o plany i pod ogólnym kierownictwem architekta nadwornego króla Jana III Sobieskiego – Tylmana z Gameren, Holendra. Bezpośrednim wykonawcą planów Tylmana z Gameren był Izydor Affaita.
Wnętrze
Wzniesiona świątynia (pod wezwaniem św. Antoniego) choć niewielka rozmiarami, robi imponujące wrażenie.
Wszystkie zdobycze architektury i sztuki późnego baroku znalazły tutaj zastosowanie. Bogate dekoracje malarsko stiukowe pokrywające sklepienie i wnętrze kopuły wprawiają w zachwyt każdego, kto przekroczy progi świątyni. Wspaniałe wieńce z kwiatów, liści i owoców, niekiedy podtrzymywane przez aniołki wykonane z gipsu, stanowią wraz ze sklepieniem jednolitą całość. Freskowe obrazy na ścianach, sklepieniu i kopule przedstawiają sceny z życia patrona świątyni: św. Antoniego z Padwy.
Dekoracja wnętrza, freski i stiuki nie są dziełem jednego artysty, ale całego ich zespołu działającego pod kierownictwem Tylmana. Znawcy twierdzą, że wnętrze czerniakowskiego kościoła łudząco przypomina wspaniałe dekoracje kościoła świętych Piotra i Pawła w Wilnie na Antokolu, gdzie umiejętnie zharmonizowano malowidła freskowe i ozdoby stiukowe. Od początku kościół posiadał trzy ołtarze: główny i dwa boczne. W ołtarzu głównym umieszczono obraz przedstawiający patrona świątyni: św. Antoniego z Padwy, dotknięty do relikwii świętego, ofiarowany fundatorowi przez barona de Tassis. W bocznych ołtarzach znajdują się: Po prawej stronie obraz przedstawiający św. Franciszka z Asyżu, po lewej tryptyk “Opłakiwanie Chrystusa”. Pod nawą kościoła umieszczono kryptę grobową rodziny Lubomirskich. Ma ona kształt krzyża. W zamyśle fundatora kościół czerniakowski miał stanowić mauzoleum rodziny Lubomirskich.
Klasztor
Równocześnie z budową kościoła wznosił fundator mury klasztoru. Jak można wywnioskować z dokumentu fundacyjnego z 19 października 1693 r., pomieszczenie dla zakonników było w tym czasie już gotowe. Zaznaczyć należy, że powstało wtedy tylko skrzydło przylegające do kościoła. Drugie skrzydło, równoległe do ul. Czerniakowskiej zbudowano później.
Zakonnicy
Ze strony zakonu fundację przyjął o. Stanisław z Grodziska, pełniący urząd wikariusza Prowincji. On to delegował o. Krzysztofa Rozrażewskiego do załatwienia wszelkich formalności u biskupa poznańskiego Stanisława Witwickiego, do diecezji którego należał wtedy Czerniaków. Uroczyste wprowadzenie bernardynów do nowego klasztoru odbyło się 15 grudnia 1693 r. Prowadzono ich w procesji z dworu czerniakowskiego. Na czele procesji kroczył bp Stanisław Witwicki ubrany w szaty pontyfikalne, w asyście biskupa inflanckiego Mikołaja Popławskiego oraz biskupa sufragana chełmińskiego Seweryna Szczuki i dużego zastępu duchowieństwa diecezjalnego i zakonnego. Uroczystość uświetnili swoją obecnością także dygnitarze świeccy: sam fundator Lubomirski, jego brat Hieronim – podskarbi wielki koronny, Benedykt Sapieha – podskarbi wielki litewski, ponadto wielu wojewodów, kasztelanów, nie licząc drobniejszej szlachty, mieszczan warszawskich i ludu wiejskiego. W czasie uroczystości przygrywała orkiestra, a puszkarze książęcy bili z moździerzy. Kiedy procesja zbliżyła się do drzwi kościelnych, bp Witwicki przekazał świątynię i klasztor o. Rozrażewskiemu jako pełnomocnikowi zakonu, który odpowiedział stosownym przemówieniem dziękczynnym.
Grób świętego Bonifacego
Klasztor miał mieć charakter kontemplacyjny, jednak od początku istnienia mieszkający w nim bernardyni jęli się prac zewnętrznych. Momentem przełomowym stało się sprowadzenie z Rzymu relikwii św. Bonifacego z Tarsu. Relikwie te otrzymał Lubomirski od papieża Innocentego XI w 1693 r. w czasie swojej pielgrzymki do Rzymu. Szkielet św. Bonifacego przybrany w kosztowną szatę purpurową został złożony w szklanej trumnie w krypcie urządzonej pod głównym ołtarzem tak, że wierni przez kratę antepedium ołtarza mogli je widzieć i obserwować kapłana odprawiającego w krypcie Msze św. Nad relikwiami umieszczono portret Innocentego XI. W 1728 r. postarali się bernardyni u papieża Benedykta XIII o odpust na dzień św. Bonifacego (14 maja). Odpust przyznany początkowo na 10 lat, został w 1778 r. udzielony na stałe, a w 1799 r. rozciągnięty na oktawę po 14 maja. Każdego roku w uroczystość św. Bonifacego zdążały do Czerniakowa rzesze wiernych. Napływ wiernych można było obserwować przez cały maj i czerwiec. Mieszkańcy Warszawy uważali św. Bonifacego za swego patrona, o czym świadczyły liczne wota składane przez nich u trumny świętego.
Wśród czcicieli św. Bonifacego znajdowali się przedstawiciele rodów magnackich, oraz biskupi. Rozbiory Polski nie wpłynęły hamująco na kult Bonifacego. Przeszkodą mogły być jedynie kordony graniczne, które zmniejszyły oddziaływanie sanktuarium. Dopiero kasata klasztoru po powstaniu styczniowym i okres ucisku narodowego zatarły w pamięci dawne tradycje Czerniakowa.
Kasata klasztoru
W okresie tzw. manifestacji przedstyczniowych (1861-1862) i w samym powstaniu styczniowym, bernardyni nie byli obojętni na sprawy narodowe. Władze zaborcze nakładały za sympatyzowanie z ruchem wolnościowym na klasztory kontrybucje pieniężne. Kiedy bernardyni czerniakowscy zwrócili się do namiestnika Królestwa hr. Berga o zmniejszenie sumy kontrybucyjnej, namiestnik prośbę odrzucił, ponieważ klasztor sprzyjał powstańcom, czego dowodem było udzielenie schronienia klerykowi – br. Bartłomiejowi Rybusowi, który brał czynny udział w powstaniu i niedawno wrócił do klasztoru. Nieco wcześniej został aresztowany prowincjał – o. Zefiryn Zaręba, były gwardian czerniakowski. Wywieziono do do guberni permskiej. Kasata klasztoru nastąpiła w nocy z 27 na 28 listopada 1864 r. Zakonników wraz z bernardynami drugiego warszawskiego klasztoru – św. Anny, przewieziono do klasztoru etatowego w Kole n. Wartą. Pod koniec 1864 r. klasztor czerniakowski został obsadzony przez wojsko rosyjskie. Ostatni bernardyn wyjechał z Czerniakowa w 1869 r. W czasie nieobecności bernardynów kościołem zarządzał wyznaczony przez biskupa ksiądz diecezjalny, a następnie księża zmartwychwstańcy (1930-1945). Całe mienie klasztorne stało się własnością państwa. Biblioteka klasztorna licząca ok. 1000 woluminów jako nieprzydatna dla bibliotek publicznych została w całości przekazana do warszawskiego seminarium duchownego. Tam trafiły również wszystkie cenniejsze obrazy. Skrzydło klasztoru przylegające do kościoła zajmowali rektorzy kościoła, drugie (wzdłuż ul. Czerniakowskiej) przeszło pod zarząd Przytułku Najświętszej Maryi Panny, przeznaczonego dla sierot po żołnierzach polskich odbywających służbę wojskową w armii rosyjskiej. W 1904 r. kościół stał się filią parafii wilanowskiej. W 1916 r. erygowano w nim samodzielną parafię, której patronem ogłoszono św. Bonifacego z Tarsu.
Powrót Bernardynów
Dnia 15 lipca 1945 r. do klasztoru czerniakowskiego wrócili jego prawowici właściciele – ojcowie bernardyni. Objąwszy klasztor rozpoczęli niezwłocznie prace remontowe. Równolegle z pracami restauracyjnymi rozwijali działalność duszpasterską. Dzięki powstałemu koło klasztoru osiedlu parafia z jednej strony bardzo się rozrosła, z drugiej jednak kilkakrotnie ją okrajano. W 1976 r. odłączono Siekierki. Później południową część parafii przyłączono do parafii św. Tadeusza na Sadybie. Kościół i klasztor cieszyły się jednak dużą sympatią wiernych, co sprawiało, że nawet mieszkańcy sąsiednich parafii uczestniczyli w nabożeństwach sprawowanych na Czerniakowie.
Nowy kościół i klasztor
Stary kościół, choć urzekający pięknem, stawał się z biegiem czasu zbyt mały dla rozrastającej się parafii. W pobliżu powstawały nowe bloki, a liczba parafian nieustannie rosła. Zaistniała więc potrzeba zbudowania nowego, większego kościoła. Prace rozpoczęto na początku lat osiemdziesiątych za przełożeństwa o. Rajmunda Matejki. Na miejsce nowego kościoła wyznaczono fragment klasztornego ogrodu. Kolejni przełożeni, zwłaszcza o. Kazimierz Kowalski, włożyli wiele trudu w dzieło budowy nowej świątyni. Po wielu staraniach kościół został konsekrowany w jubileuszowym roku 2000 przez ks. kard. Józefa Glempa – Prymasa Polski. Obok nowego kościoła powstał budynek klasztorny, który połączył stare obiekty z nowymi. Znalazły w nim miejsce sale duszpasterskie, gdzie członkowie grup działających przy parafii i wszyscy członkowie rodziny parafialnej mogą spotykać się na wspólnej modlitwie i uczestniczyć w spotkaniach formacyjnych. Patronem świątyni jest św. Jan z Dukli.